Alrededor de las 19:45 horas, un día húmedo y caluroso, durante el ocaso se mezclaba de fondo la oscuridad que avecinaba rápidamente.
Desde el sur se asomaba un frente tormentoso, con fuertes lluvias, descargas eléctricas y ráfagas de vientos de más de 180 km/h.
La tromba se formó sobre el río Paraná a unos 200 metros de la costa paraguaya. Dos corrientes de viento huracanado de más de 250 km/h acompañados de fuerte chaparrones y descargas eléctricas se encontraron justo frente a la ciudad.
El tornado entró por el muelle -construido en 1918, principal fuente de comunicación con la Argentina y de transporte de cargas y pasajeros- siendo totalmente destruido, arrasando prácticamente todo lo que hoy sería la ex-Zona Baja de la ciudad, así como casas, monumentos, edificios, etc. El saldo fue de centenares de muertos y heridos, e incalculables pérdidas económicas, lo que produjo el atraso de la ciudad en los años posteriores.
El tornado de Encarnación, o ciclón de Encarnación de 1926 fue un fuerte evento meteorológico ocurrido el día 20 de septiembre de 1926 en horas de la tarde, en la ciudad de Encarnación.
Esta zona tiene una moderada propensión a este tipo de fenómenos climáticos por encontrarse en el Pasillo de los Tornados aunque son raras igualmente el desarrollo de estos eventos. Se estima su categoría en EF4 en la escala Fujita-Pearson por su capacidad destructiva.
Por la intensidad, nivel de destrucción y particularidad del fenómeno, se trató de la tormenta más destructiva en extensión que afectó a la República del Paraguay y la más mortífera del continente.
Se estima que fallecieron entre 300 y 400 personas, e incalculables pérdidas económicas y culturales, provocando el atraso de la ciudad en los años posteriores, de lo que en aquel entonces era siendo la segunda ciudad principal del país.